Orgulje su ručno izrađene u jednoj od najkvalitetnijih tradicijskih radionica orgulja u svijetu Eisenbarth, iz njemačkog biskupijskog grada Passau. Katedralne orgulje koje su bile u upotrebi od 1977. god stradale su u Domovinskom ratu. Istog dana kad je pala Škabrnja, 18. studenog 1991., jedan je projektil pao na orgulje. U ljeto 2007. godine krenulo se u nabavu novih orgulja te se upriličio susret s gospodinom Eisenbarthom. Poslije se konzultiralo i s drugim stručnjacima u Hrvatskoj koji su dali svoje prijedloge koje je najbolje razumio i poslušao mo. mr. Ante Knešaurek. On je i napravio ovu dispoziciju, te je 2008. godine potpisani ugovor s tvrtkom Eisenbarth u vezi ovih orgulja. One su se izrađivale u njezinoj radionici.
Orgulje imaju 4.100 svirala, a njihova cjelokupna vrijednost je 915.000 eura. Izrađene su od hrasta, bora crvenog cedra, oraha i crne smreke.
Maestro mo. mr. Ante Knešaurek: „Radi se o velikom klasicističko francuskom instrumentu, ima vrlo masivan zvuk, koji nije agresivan, s izrazito rafiniranim, takozvanim labijalnim sviralama. Ono čime se Zadar može podičiti, kao zapravo jedini grad u Hrvatskoj koji to ima, pa čak mislim i šire, je da orgulje imaju tri manuala, dakle tri reda tipaka, pedalu i čak 56 registara. Ovo su treće po veličini crkvene orgulje u Hrvatskoj te prve po kvaliteti s obzirom na majstorstvo izrade i na mehaničku trakturu.“
Tvorac orgulja Wolfgang Eisenbarth: „Orgulje su sastavljene tako da zadovoljavaju najviše glazbene i tehničke zahtjeve i harmonično se uklapaju u ovaj crkveni prostor. U postavu prospekta uzeti su značajni elementi iz arhitekture kao što su stupovi, lukovi i naravno, ostavlja slobodnom i rozetu. Orijentacija je, dakle, francuski glazbeni stil 19. stoljeća kojem su jezični registri u ovim orguljama izašli samo ususret.“
Njemačka tvrtka Eisenbarth je izgradila orgulje katedrale 2010. godine. Glazbalo ima francusku dispoziciju:
I. manual (Grand Orgue) C–c4
Principal 16′
Principal 8′
Flûte majeure 8′
Bourdon 8′
Prestant 4′
Flûte 4′
Quinte 2 2/3′
Doublette 2′
Cornet V 2 2/3′
Gross Fourniture IV-V 2 2/3'
Gross Cymbale IV 1 1/3′
Bombarde 16′
Trompette 8′
Clairon 4
II. manual (Positif expressif) C–c4
Bourdon 16′
Principal 8′
Flûte à cheminée 8′
Salicional 8′
Quintatön 8′
Octave 4′
Flûte douce 4'
Nazard 2 2/3′
Flageolet 2′
Tierce 1 3/5′
Larigot 1 1/3′
Plein jeu III-IV 1 1/3′
Clarinette 16′
Cromorne 8'
Voix humaine 8'
Tremblant
III. manual (Récit expressif) C–c4
Bourdon 16′
Diapason 8′
Flûte d'orchestre 8′
Cor de nuit 8′
Viol de Gambe 8′
Voix céleste 8′
Flûte harmonique 4′
Viole 4′
Nazard harmonique 2 2/3′
Octavin 2'
Tierce harmonique 1 3/5′
Piccolo 1′
Plein Jeu harmonique II-V 2′
Basson 16'
Trompette harmonique 8'
Hautbois 8′
Clairon harmonique 4′
Tremblant
Pédale C–g1
Untersatz 32′
Principalbass 16′
Contrabass 16′
Subbass 16′
Octave 8′
Flûte 8′
Octave 4′
Contrabombarde 32′
Bombarde 16′
Trompette 8′
Zimbelstern
Spojevi: mehanski: II-I, III-I, III-II, I-P, II-P, III-P. električni: Sub III, Super III, Sub III-I, Super III-I, Sub III-II, Super III-II. 4000 slobodnih kombinacija, dva valjka za crescendo.
Paul Fey prezentira orgulje :